Instytut Matematyki i Fizyki powstał w 1975 roku w wyniku połączenia międzywydziałowych zespołów matematyki i fizyki grupujących nauczycieli akademickich pracujących w dwu bydgoskich uczelniach: Wyższej Szkole Inżynierskiej i filii Akademii Rolniczej w Poznaniu. Zadania dydaktyczne Instytutu w momencie jego powołania obejmowały prowadzenie zajęć z matematyki i fizyki dla wszystkich kierunków studiów w utworzonej Akademii Techniczno-Rolniczej. W tym zakresie funkcję jednostki międzywydziałowej IMiF pełni także obecnie.

W 1994 roku działalność dydaktyczna Instytutu poszerzyła się o kształcenie własnych studentów na kierunku fizyka techniczna w ramach specjalności fizyczne miernictwo komputerowe (najpierw studia zawodowe, od 2000 roku studia magisterskie). Przy powoływaniu kierunku i opracowaniu programu studiów oparto się na podobnych, istniejących w krajach zachodnich studiach interdyscyplinarnych (głównie we Francji i Szwecji) oraz dokonano rozeznania potrzeb rynku pracy i potrzebnych absolwentom umiejętności. Grant TEMPUS-a przyznany przez Europejską Fundację Rozwoju Edukacji przyczynił się do rozbudowy i unowocześnienia podstawowej bazy laboratoryjnej oraz modernizacji programów nauczania przy współpracy z partnerami zagranicznymi: Département Mesures Physiques (Uniwersytet J. Fouriera, Grenoble, Francja) i Department of Physics and Measurement Technology (Uniwersytet w Linköping, Szwecja).

Do 2015 roku studia na kierunku fizyka techniczna ukończyło 247 osób (204 – studia inżynierskie, 24 – uzupełniające studia magisterskie 19 – jednolite studia magisterskie). Instytut Matematyki i Fizyki. Do … roku Instytut prowadził również studia podyplomowe z informatyki w systemie niestacjonarnym.

W 1998 roku Instytut Matematyki i Fizyki został włączony do Wydziału Technologii i Inżynierii Chemicznej z zachowaniem dużej samodzielności. W Instytucie zatrudnionych jest obecnie 30 nauczycieli akademickich.

Pracownicy IMiF współpracują z licznymi ośrodkami naukowymi w kraju i za granicą. Studenci fizyki technicznej korzystają z możliwości studiów zagranicznych w ramach programu SOCRATES. W każdym roku akademickim około 15% studentów ostatnich semestrów wyjeżdża na studia zagraniczne, głównie do Szwecji, Niemiec i Danii.